医院始终坚持医教研全面发展，短短十几年，在科研平台、临床教学、人才培养等各方面都有了飞速发展，取得显著成效，在全省发挥领头羊作用。

医院拥有福建省唯一的心血管内科国家临床重点专科，福建省首批临床医学研究中心，是国家首批心血管病专科医师规范化培训基地，是国家首批、省内首家心血管病专科护理及技术培训示范基地，是国家胸痛中心四家区域认证中心之一、是卫生部冠心病和心律失常介入诊疗培训基地、美国AHA、ACC授权培训教育中心。拥有国家博士后科研工作站、福建省及厦门市院士专家工作站、厦门市首批重点医学中心、厦门市医学领先学科、厦门市心血管疾病重点实验室、厦门大学医学院心血管病研究所等多个高层次科研学科平台。

医院一直重视科学研究工作，多年来承担及参与国家科技部重点研发计划、国家自然科学基金重点课题、面上项目等各级各类科研项目100余项，并和国内外一流的医疗机构、企事业进行大量的科研合作及项目开发。不仅获得我省临床医院里的首个国家自然科学基金面上项目，同时也是首个获得国家自然基金重点项目－海峡联合基金的临床医院。